Características de la proteína S del virus SARS-CoV-2 y las implicaciones clínicas en pacientes del Hospital Regional de Alta Especialidad “Dr. Juan Graham Casasús” durante la pandemia 2020-2022.

Abstract

Introducción: El SARS-CoV-2 representa la causa de morbimortalidad más importante a nivel mundial durante los últimos años. Está formado por 4 proteínas. De importancia para nuestro estudio, la proteína S que cumple la función de reconocer al receptor ACE2 humanos para la entrada viral. Objetivo: Determinar las características de la proteína S del virus SARS-CoV2 y las implicaciones clínicas en pacientes del Hospital Regional de Alta Especialidad “Dr. Juan Graham Casasús” con la gravedad de la enfermedad durante la pandemia 2020-2022. Material y métodos: Sé analizó una muestra no probabilística de 200 pacientes mayores de 18 años, con resultado positivo a SARS-CoV-2 procedentes del Hospital Regional de Alta Especialidad “Dr. Juan Graham Casasús”. Los datos clínicos de los pacientes se extrajeron al ingreso hospitalario. La extracción de RNA viral se realizó mediante el equipo automatizado iPrep™ PureLink® Virus Kit (INVITROGEN®). La detección de SARS-CoV-2 se realizó en el equipo de PCR en tiempo real QuantStudio5TM Real-Time PCR (Applied Biosystems), y la amplificación fue realizada usando GeneFinderTM COVID19 Real Amp Kit v2 (Cat IFMR-45) (OSANG Healthcare Co., Lt,). Los datos se analizaron a través de medidas de tendencia central y dispersión, se utilizaron pruebas de hipótesis de acuerdo con la naturaleza de las variables. El genoma de los virus se secuenció con kits IlluminaMiSeq 500v2 [Illumina, San Diego, CA, EE. UU.]) Resultados: Todas las secuencias analizadas de pacientes del Hospital Regional de Alta Especialidad “Dr. Juan Graham Casasús”, se clasificaron a través de clados, el 26.9% (n=53) pertenece al clado 21K (Ómicron), el 27.4% (n=54) al 20B, el 19.8% (n=39) al 20A. La media fue 10.7±11.2 sustituciones, con un mínimo de 1 y máximo de 32, obteniendo un total de 121 mutaciones Conclusiones: Durante el periodo de pandemia 2020-2022 circularon 11 clados de SARS-CoV-2 que tuvieron por lo menos la mutación D614G, el clado 21K Ómicron posee la mayor cantidad de mutaciones. Las sustituciones de aminoácidos en la región N-terminal y del dominio de unión con el receptor ACE2 son altamente frecuentes. Palabras Clave: SARS-CoV-2; COVID-19; Proteína S; mutaciones; clados.